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La seconda sezione è relativa al periodo dauno ed ellenistico. Conserva manufatti dauni, vasellame facente parte di un corredo funerario del IV-VI secolo a.C. della Necropoli di Quadrona. La località che dà il nome alla necropoli si trova a circa 4 km a ovest di Apricena. Le sepolture furono portate alla luce casualmente durante dei lavori agricoli negli anni ’80. Tra i reperti si annovera un cinturone di bronzo, quasi intatto, un’ascia, un colino di bronzo e il numeroso vasellame tra cui coppe in stile Gnathia e Xilix con decorazioni incise e sovra dipinte. Ancora una Antefissa e il frammento di un mosaico di epoca romana risalenti al II sec. A. C. rinvenute nei pressi di San Nazario; la cintura bronzea di epoca dauna, risalente al IV-V sec. a.C.
La quarta sezione è dedicata al Medioevo, con reperti che provengono da Castel Pagano, Santa Maria di Selva della Rocca e Volta Pianezza, sita a sud di Castel Pagano. Nella Sezione Medievale vi è, inoltre, un pannello dedicato a Celestino V per via del suo passaggio a San Giovanni in Piano, nei pressi di Apricena. Il pannello riporta il riferimento della Perdonanza del 28 e 29 agosto e l’Orazione in volgare contenuta nel libro di preghiere di Celestino V.
Della seconda sezione fa parte la teca in cui sono presenti ritrovamenti archeologici venuti alla luce nell’attuale centro abitato. Nicola Pitta registra questi ritrovamenti come […]«una collezione di oggetti rinvenuti si trova nella Casa Comunale; una seconda presso il Cav. Mons. A.R. Paolicelli. Molti e molti vasi sono stati spezzati dall’ignoranza di chi li rinveniva. Un tale, restaurando le sue case in Largo Sant’Antonio, scavando le fondamenta, trovò una grandissima quantità di vasi etruschi (dauni), piccoli e grandi; il De Angelis, nel rinforzare le fondamenta di alcuni sottani in via San Severo, rinvenne una lapide sepolcrale di data pagana, facente parte della sepoltura di una fanciulla di 7 anni; ancora, un altro concittadino, nel piantare una vigno in contrada Cappuccini, scoprì varie sepolture fatte con tegole e in una di esse una spada e un vaso lacrimale»[…].